La Fondazione è retta da un Consiglio di Amministrazione e da un Comitato Esecutivo.

Il Consiglio di Amministrazione è così composto:

• Dal Presidente dell'Autorità di Sistema Portuale del Mar Ligure Occidentale, che ne è membro di diritto e Presidente della fondazione;
• Dal Direttore Marittimo della Liguria, che ne è membro di diritto;
• Da un membro nominato dalle Associazioni Armatoriali in accordo tra le stesse;
• Da un membro nominato dalle Associazioni Sindacali dei lavoratori del mare maggiormente rappresentative a livello nazionale;
• Da un membro nominato dall'Autorità di Sistema Portuale del Mar Ligure Occidentale;
• Da due membri nominati dal Comune di Genova.

Il Comitato Esecutivo è composto dal Consigliere Delegato e da due Consiglieri eletti dal Consiglio di amministrazione, scegliendoli tra i propri membri. Presiede il Comitato esecutivo il Consigliere Delegato e ne fa le veci di segretario il Segretario della Fondazione.